วารสารแพทย์นาวีจัดทำขึ้นเพื่อเผยแพร่ผลงานวิจัยและผลงานวิชาการด้านการแพทย์ การพยาบาล วิทยาศาสตร์สุขภาพ และเวชศาสตร์ทางทะเล บทความที่ตีพิมพ์ ประกอบด้วย บทความวิจัย บทความวิชาการ สิ่งประดิษฐ์ รายงานผู้ป่วย และ บทความพิเศษ  โดยในแต่ละฉบับจะมีบทความวิจัยและบทความวิชาการ ประมาณ 15-16 เรื่อง และ บทความพิเศษ 1 เรื่อง จัดพิมพ์เผยแพร่ปีละ 3 ฉบับ มกราคม - เมษายน พฤษภาคม - สิงหาคม และกันยายน - ธันวาคม

ปัจจุบันวารสารแพทย์นาวี ได้จัดทำเป็น 2 รูปแบบ คือ
1. รูปแบบตีพิมพ์ (Print) เริ่มจัดทำตั้งแต่ พ.ศ. 2546 มีเลข ISSN คือ ISSN 0125-6971 (Print)
2. รูปแบบอิเล็กทรอนิกส์ (Online) เริ่มจัดทำตั้งแต่ พ.ศ. 2561 ในฉบับที่ 3 กันยายน – ธันวาคม มีเลข ISSN คือ ISSN 2672-9555 (Online)