การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมบริเวณโปรโมเตอร์ของยีน CCL2 ที่เกี่ยวข้องกับ SNP rs1024611 ในผู้ติดเชื้อเอชไอวีในประเทศไทย
คำสำคัญ:
ยีน CCL2 โปรโมเตอร์, rs1024611, การติดเชื้อเอชไอวี, ความหลากหลายทางพันธุกรรมบทคัดย่อ
C-C Motif Chemokine Ligand 2 (CCL2) มีบทบาทสำคัญในกระบวนการอักเสบและการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันและ single-nucleotide polymorphism (SNP) rs1024611 มีความสัมพันธ์กับการเพิ่มการแสดงออกของโปรตีน CCL2 ซึ่งอาจส่งผลกระทบต่อภาวะแทรกซ้อนที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อเอชไอวี การศึกษานี้วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของบริเวณโปรโมเตอร์ของยีน CCL2 โดยเฉพาะ 378 คู่เบสรอบ rs1024611 ในผู้ติดเชื้อเอชไอวีในประเทศไทย โดยทำการสกัดดีเอ็นเอและเพิ่มปริมาณชิ้นส่วนยีน CCL2 ที่มี rs1024611 ด้วยวิธี polymerase-chain reaction (PCR) และหาลำดับนิวคลิโอไทด์ด้วยเทคนิค direct sequencing แล้วทำการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศ โดยมี140 ตัวอย่างที่มีผลโครมาโตแกรมที่ดี โดยดูความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์และความสัมพันธ์ระหว่าง SNP ในบริเวณที่ทำการศึกษาพบ SNP เพิ่มเติมอีกหนึ่งชนิด คือ rs2151345396 ใน SNP rs1024611 ความถี่ของอัลลีล A และ G คือ 0.511 และ 0.489 ตามลำดับ โดยมีความถี่ของจีโนไทป์ AA 0.193, AG 0.636, และ GG 0.171 ขณะที่ SNP rs2151345396 พบความถี่ของอัลลีล G และ C คือ 0.907 และ 0.093 ตามลำดับ การวิเคราะห์ทางสถิติพบว่าไม่มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่าง rs1024611 และ rs2151345396 ซึ่งบ่งชี้ถึงความเป็นอิสระของ SNP ทั้งสอง แม้ว่าจะมี linkage disequilibrium ที่สูง (D' = 0.9985, r2= 0.0984 ) นอกจากนี้ ผลการศึกษานี้พบว่าความหลากหลายทางพันธุกรรมในประชากรที่ศึกษานี้มีความแตกต่างอย่างชัดเจนจากข้อมูลในฐานข้อมูลอ้างอิง (LiveRef SNPs, dbSNP b156v2 and 1000 Genomes Phase 3) จากฐานข้อมูล NCBI งานวิจัยนี้ชี้ให้เห็นถึงความสำคัญของความหลากหลายทางพันธุกรรมเฉพาะในกลุ่มผู้ติดเชื้อเอชไอวี เพื่อประเมินความหลากหลายก่อนที่จะนำมาใช้ในการศึกษาการแสดงออกและการพัฒนาวิธีการวินิจฉัยระดับโมเลกุลของยีน CCL2 ต่อไป
เอกสารอ้างอิง
Gonzalez E, Rovin BH, Sen L, et al. HIV-1 infection and AIDS dementia are influenced by a mutant MCP-1 allele linked to increased monocyte infiltration of tissues and MCP-1 levels. Proc Natl Acad Sci U S A 2002;99:13795–800.
Sharma P, Patel S, Hasan N. Association of CCL2 gene polymorphism with age-related macular degeneration. Gene 2018;642:251–6.
Masselli E, Venegoni A, Fiscon G, et al. Chemokine CCL2 expression is related to survival in patients with primary myelofibrosis. Blood Adv 2021;5:1290–301.
Wahid A, Ansari R, Schmidt E, et al. Immuno-pathomechanism of liver fibrosis: targeting chemokine CCL2-mediated HIV nexus. J Transl Med 2014;12:341. doi:10.1186/s12967-014-0341-8.
Da LS, Zhang Y, Zhang S, et al. Association between MCP-1 -2518A/G polymorphism and cancer risk: evidence from 19 case-control studies. PLoS One 2013;8:e82855. doi:10.1371/journal.pone.0082855.
National Center for Biotechnology Information. CCL2 C-C motif chemokine ligand 2 [Homo sapiens (human)] [Internet]. 2024 [cited 2024 Jun 21]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=DetailsSearch&Term=6347
Gudauskiene G, Vilkeviciute A, Gedvilaite G, et al. CCL2, CCR2 gene variants and CCL2, CCR2 serum levels association with age-related macular degeneration. Life (Basel) 2022;12:1038. doi:10.3390/life12071038.
Hodeib H, Abd El Hai D, Tawfik M, et al. CCL2 rs1024611 gene polymorphism in Philadelphia-negative myeloproliferative neoplasms. Genes (Basel) 2022;13:492. doi:10.3390/genes13030492.
Masselli E, Carubbi C, Pozzi G, et al. Impact of the rs1024611 polymorphism of CCL2 on the pathophysiology and outcome of primary myelofibrosis. Cancers (Basel) 2021;13:2552. doi:10.3390/cancers13112552.
Sharma AC, Srivastava RN, Srivastava SR, et al. AB1291 association of CCL2 gene polymorphisms and their serum levels with susceptibility to knee osteoarthritis. Ann Rheum Dis 2019. doi:10.1136/annrheumdis-2019-eular.6642.
Shen R, Lin S, He L, et al. Association of two polymorphisms in CCL2 with Parkinson's disease: a case-control study. Front Neurol 2019;10:35. doi:10.3389/fneur.2019.00035.
Pham MHT, Bonello GB, Castiblanco J, et al. The rs1024611 regulatory region polymorphism is associated with CCL2 allelic expression imbalance. PLoS One 2012;7:e49498. doi:10.1371/journal.pone.0049498.
Wright EK, Page SH, Barber SA, et al. Prep1/Pbx2 complexes regulate CCL2 expression through the −2578 guanine polymorphism. Genes Immun. 2008;9(5):419–30. doi:10.1038/gene.2008.33.
National Center for Biotechnology Information. rs1024611 [Internet]. dbSNP Short Genetic Variations. 2022 [cited 2024 Jun 21]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs1024611
Page SH, Wright EK, Gama L, et al. Regulation of CCL2 expression by an upstream TALE homeodomain protein-binding site that synergizes with the site created by the A-2578G SNP. PLoS One 2011;6:e22052. doi:10.1371/journal.pone.0022052.
Akhtar F, Hernández Ruiz J, Liu YG, et al. Functional characterization of the disease-associated CCL2 rs1024611G-rs13900T haplotype: the role of the RNA-binding protein HuR. bioRxiv 2023. doi:10.1101/2023.10.31.564937.
Oven J, Coll B, Tous M, et al. The influence of HIV infection on the correlation between plasma concentrations of monocyte chemoattractant protein-1 and carotid atherosclerosis. Clin Chim Acta 2006;368:114–9.
Zhao F, Maren NA, Kosentka PZ, et al. An optimized protocol for stepwise optimization of real-time RT-PCR analysis. Hortic Res 2021;8:161. doi:10.1038/s41438-021-00616-w.
Mueller BL, Liberman MJ, Kolpashchikov DM. OWL2: a molecular beacon-based hybridization sensor for highly selective SNV detection in folded nucleic acids. Nanoscale 2023;15:158–64. doi:10.1039/d2nr05590b.
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, et al. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics 2012;28:1166–7. doi:10.1093/bioinformatics/bts091.
Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG. Multiple sequence alignment using ClustalW and ClustalX. Curr Protoc Bioinformatics 2003;Chapter 2:Unit 2.3. doi:10.1002/0471250953.bi0203s00.
Edgar RC. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res 200;32:1792–7. doi:10.1093/nar/gkh340.
Solé X, Guinó E, Valls J, et al. SNPStats: a web tool for the analysis of association studies. Bioinformatics 2006;22:1928–9. doi:10.1093/bioinformatics/btl268.
National Center for Biotechnology Information. rs2151345396 [Internet]. dbSNP Short Genetic Variations. 2022 [cited 2024 Jun 21]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs2151345396
Gao J, Chen Y, Peterson L. GATA family transcriptional factors: emerging suspects in hematologic disorders. Exp Hematol Oncol 2015;4:24. doi:10.1186/s40164-015-0024-z.
Turner R, Tjian R. Leucine repeats and an adjacent DNA binding domain mediate the formation of functional cFos-cJun heterodimers. Science 1989;243:1689–94. doi:10.1126/science.2494701.
Shadrina AS, Kashtalap VV, Slominsky PA. Polymorphisms in the CCL2 gene are associated with the risk of primary varicose veins. Mol Biol (Mosk) 2017;36:445–53.
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
ลิขสิทธิ์ (c) 2025 วารสารเทคนิคการแพทย์
อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
