การระบุยีนมะเร็งลำไส้ตรง โดยการวิเคราะห์ไมโครอะเรย์
คำสำคัญ:
มะเร็งลำไส้ตรง, การแสดงออกของยีน, cDNA ไมโครอะเรย์บทคัดย่อ
มะเร็งเป็นสาเหตุการตายอันดับหนึ่งในภาคเหนือและโรคมะเร็งลำไส้ใหญ่ เป็นมะเร็งที่อยู่ในอันดับที่สาม ของการเสียชีวิตจึงเป็นที่มาของวัตถุประสงค์ของการ ศึกษานี้คือใช้ cDNA ไมโครอะเรย์วิเคราะห์ความแตกต่าง ของการแสดงออกของยีนระหว่างเนื้อเยื่อปกติและเนื้อเยื่อมะเร็งในผู้ป่วยมะเร็งลำไส้ตรงระยะ III จำนวน 6 คน ซึ่งเข้ารับการรักษาที่โรงพยาบาลมหาราชนคร เชียงใหม่ระหว่างเดือนธันวาคมปี 2552 ถึงเดือน เมษายนปี 2553 การวิเคราะห์ไมโครอะเรย์ของยีนมะเร็งลำไส้ตรงได้ใช้โปรแกรม R การวัดการแสดงออกของยีนจะใช้แบบ จำลองเชิงเส้น กระบวนการวิเคราะห์มี 3 ขั้นตอนหลักดังนี้ 1) นำข้อมูล cDNA microarray เข้าโปรแกรม R หลังจากนั้นเตรียมข้อมูลโดยปรับแก้พื้นหลังให้ถูกต้องทำ ข้อมูลให้เป็นบรรทัดฐานเดียวกันและรวบรวมผลที่ ได้ 2) วิเคราะห์ข้อมูลการแสดงออกของ cDNA ยีน โดยใช้สมการเส้นตรง และจัดกลุ่มยีนตามการแสดงออก ที่ต่างกันของยีนมะเร็งลำไส้ตรง 3) ใช้การทดสอบทางสถิติ แบบ t-test ที่ p-value น้อยกว่า 0.005 และค่า fold change เท่ากับ 2 ในการ บอกความแตกต่างของการแสดงออกของยีนระหว่าง เนื้อเยื่อปกติและเนื้อเยื่อมะเร็ง ผลการวิจัยพบกลุ่มยีน ทั่วไปที่พบในมะเร็งระยะ III และยังพบกลุ่มยีนที่ใช้ เป็นตัวบ่งชี้ระยะของโรคตาม TNM staging ได้หลังการวิเคราะห์ โดยละเอียดแล้วพบว่ายีนที่มีความเกี่ยวของ กับการเป็นมะเร็งลำไส้ตรงคือ CDC4, placenta growth factor precursor (PlGF) และ CD27-binding proteinสมาคมรังสีรักษาและมะเร็งวิทยาแห่งประเทศไทย
เอกสารอ้างอิง
Khuhaprema T, Srivatanakul P. Colon and Rectum Cancer in Thailand: An Overview. Japanese Journal of Clinical Oncology. 2008; 38(4): 237 -43.
Smyth, G. K. 2010. “Limma: Linear Models for Microarray Data User’s Guide.” [Online]. Available. http://bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf (2011 Mar 28).
Ritchie ME, Silver J, Oshlack A, Holmes M, Diyagama D, Holloway A, et al. A comparison of background correction methods for two-colour microarrays. Bioinformatics. 2007; 23(20): 2700 -07.
Mark D. Robinson. 2009. “Linear models and Limma.” [Online]. Available. http://www.math.ku.dk/~richard/courses/bioconductor2009/handout/19_08_Wednesday/KU-August2009-LIMMA/PPT-PDF/Robinson-limma-linear-models-ku-2009.ppt (2011 Mar 29).
Silver JD, Ritchie ME, Smyth GK. Microarray background correction: maximum likelihood estimation for the normal–exponential convolution. Biostatistics. 2009; 10(2): 352 -63.
Anja VL. 2003. “Normalization of microarray data.” Verarbeitung von DNA-Microarray-Daten WiSe 2003/2004 [Online]. Available. http://lectures.molgen.mpg.de/Microarray_WS0304/anja_VL_25_11_2003.pdf (2011 Mar 28).
Tusher VG, Tibshirani R, Chu G. Signifi cance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001;98(9):5116-21.
Tibshirani R. 2007. “A comparison of fold-change and the t-statistic for microarray data analysis.” Analysis [Online]. Available. http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/download?doi=10.1.1.78.9531&rep=rep1&type=pdf (2011 Mar 28).
Welcker M, Clurman BE. FBW7 ubiquitin ligase: a tumour suppressor at the crossroads of cell division, growth and differentiation. Nat Rev Cancer. 2008; 8(2): 83-93.
Akhoondi S, Lindstrom L, Widschwendter M, Corcoran M, Bergh J, Spruck C, et al. Inactivation of FBXW7/hCDC4-beta expression by promoter hypermethylation is associated with favorable prognosis in primary breast cancer. Breast Cancer Research. 2010; 12(6): R105(1-13).
Iwatsuki M, Mimori K, Ishii H, Yokobori T, Takatsuno Y, Sato T, et al. Loss of FBXW7, a cell cycle regulating gene, in colorectal cancer: clinical signifi cance. Int. J. Cancer. 2010; 126(8): 1828-37.
Baek M, Bae S, Cho S, Jeong D, Kim C. 2010. “Role and prognostic value of placenta growth factor (PlGF) in colorectal carcinomas.” (abstract). American Society of Clinical Oncology 2010 ASCO Annual Meeting [Online]. Available. http://www.asco.org/ascov2/Meetings/Abstracts?&vmview=abst_detail_view&confID=74&abstractID=41841 (2011 Mar 29).
Xu L, Jain RK. Down-Regulation of Placenta Growth Factor by Promoter Hypermethylation in Human Lung and Colon Carcinoma. Molecular Cancer Research. 2007; 5(9): 873 -80.
Prasad KVS, Ao Z, Yoon Y, Wu MX, Rizk M, Jacquot S, et al. CD27, a member of the tumor necrosis factor receptor family, induces apoptosis and binds to Siva, a proapoptotic protein. Proc Natl Acad Sci USA. 1997; 94(12): 6346-51.
Katayama Y, Sakai A, Oue N, Asaoku H, Otsuki T, Shiomomura T, et al. A possible role for the loss of CD27-CD70 interaction in myelomagenesis. Br J Haematol. 2003; 120(2): 223-34.
Futschik et al. Gene Expression Profi ling of Metastatic and Nonmetastatic Colorectal Cancer Cell Lines. Genome Letters 2002; 1: 26–34.
Okuno K, Yasutomi M, Nishimura N, Arakawa T, Shiomi M, Hida J,Ueda K, Minami K. Gene expression analysis in colorectal cancer using practical DNA array filter. Dis Colon Rectum 2001; 44: 295–99.
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
บทความที่ได้รับการตีพิมพ์เป็นลิขสิทธิ์ของวารสารมะเร็งวิวัฒน์ ข้อความที่ปรากฏในบทความแต่ละเรื่องในวารสารวิชาการเล่มนี้เป็นความคิดเห็นส่วนตัวของผู้เขียนแต่ละท่านไม่เกี่ยวข้องกับ และบุคคลากรท่านอื่น ๆ ใน สมาคมฯ แต่อย่างใด ความรับผิดชอบองค์ประกอบทั้งหมดของบทความแต่ละเรื่องเป็นของผู้เขียนแต่ละท่าน หากมีความผิดพลาดใดๆ ผู้เขียนแต่ละท่านจะรับผิดชอบบทความของตนเองแต่ผู้เดียว
