การตรวจวิเคราะห์หาการกลายพันธุ์ชนิดหายากบนยีนแอลฟ่าโกลบินด้วยวิธี Next generation sequencing (NGS)

ผู้แต่ง

  • สุวิมล ศิริวรเดชกุล ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
  • สุรวีร์ สร้อยโมรา ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
  • วลัยพร ยิ้มเนียม ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
  • ศรอนงค์ วิจิตรประชา ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล
  • การันต์ ไพสุขศานติวัฒนา ภาควิชาพยาธิวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล

คำสำคัญ:

Next-Generation Sequencing (NGS), การกลายพันธุ์ชนิดหายาก, ยีนแอลฟ่าโกลบิน, แอลฟ่าธาลัสซีเมีย

บทคัดย่อ

ความเป็นมา แอลฟ่าธาลัสซีเมียเป็นโรคทางพันธุกรรมที่เกิดจากการกลายพันธุ์บนยีนแอลฟ่าโกลบิน ส่วนใหญ่เกิดจาก large deletions ในงานประจำวันสามารถตรวจแอลฟ่าธาลัสซีเมียได้โดยวิธี polymerase chain reaction (PCR) แต่วิธีดังกล่าวอาจไม่สามารถตรวจพบการกลายพันธุ์ชนิดหายากได้ ผู้วิจัยจึงใช้วิธี  next generation sequencing (NGS) ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่มาตรวจหาการกลายพันธุ์ชนิดหายาก วัตถุประสงค์ เพื่อตรวจหาการกลายพันธุ์ชนิดหายากบนยีนแอลฟ่าโกลบินด้วยวิธี NGS วิธีการ ศึกษาตัวอย่างเลือดผู้ป่วยจำนวน 8 ราย ที่ให้ผลการตรวจวิเคราะห์พบฮีโมโกลบินผิดปกติชนิดหายากจากการตรวจ hemoglobin typing (Hb typing) และตรวจหายีนกลายพันธุ์ชนิดหายากด้วยวิธี NGS ผลการวิจัย ตัวอย่างทั้ง 8 ราย ตรวจพบการกลายพันธุ์ชนิดหายากได้แก่ Hb G-Honolulu [HBA2:c.91G>C], Hb G-Waimanalo [HBA2:c.193G>A], Hb J-Singapore [HBA2:c.239C>G], Hb Port Phillip [HBA2:c.275T>C], Hb G-Georgia [HBA2:c.287C>T], Hb Siam [HBA1:c.46G>C], Hb Q-India [HBA1:c.193G>C] และ Hb Lansing Ramathibodi [HBA1:c.264C>G] และมีตัวอย่าง 2 ราย คือ Hb Lansing Ramathibodi [HBA1:c.264C>G] พบร่วมกับแอลฟ่าธาลัสซีเมียชนิด -3.7 kb และ Hb G-Waimanalo [HBA2:c.193G>A] พบร่วมกับแอลฟ่าธาลัสซีเมียชนิด -3.7 kb และ Hb E สรุป วิธี NGS สามารถใช้ตรวจหาการกลายพันธุ์ชนิดหายากบนยีนแอลฟ่าโกลบินได้ นอกจากนี้สามารถนำตัวอย่างแอลฟ่าธาลัสซีเมียชนิดหายากมาใช้เป็น positive control และประยุกต์ใช้กับงานด้าน molecularในงานประจำวันได้

Downloads

Download data is not yet available.

เอกสารอ้างอิง

Fucharoen S, Winichagoon P. Thalassemia in Southeast Asia: problems and strategy for prevention and control. SE Asian J Trop Med. 1992;23:647-55.

Fucharoen G, Fucharoen S, Sanchaisuriya K, Sae-Ung N, Suyasunanond U, Sriwilai P, et al. Frequency Distribution and Haplotypic Heterogeneity of beta(E)-Globin Gene among Eight Minority Groups of Northeast Thailand. Hum Hered. 2002;53:18-22.

Fucharoen S, Viprakasit V. Hb H disease: clinical course and disease modifiers. Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2009:26-34.

Lee JS, Cho SI, Park SS, Seong MW. Molecular basis and diagnosis of thalassemia. Blood Res. 2021;56:S39-S43.

Valones MA, Guimarães RL, Brandão LA, de Souza PR, de Albuquerque Tavares Carvalho A, Crovela S. Principles and applications of polymerase chain reaction in medical diagnostic fields: a review. Braz J Microbiol. 2009;40:1-11.

Chong SS, Boehm CD, Higgs DR, Cutting GR. Single-tube multiplex-PCR screen for common deletional determinants of alpha-thalassemia. Blood. 2000;95:360-2.

Chong SS, Boehm CD, Cutting GR, Higgs DR. Simplified multiplex-PCR diagnosis of common southeast asian deletional determinants of alpha-thalassemia. Clinical chemistry. 2000;46:1692-5.

Fucharoen S, Sanchaisuriya K, Fucharoen G, Panyasai S, Devenish R, Luy L. Interaction of hemoglobin E and several forms of alpha-thalassemia in Cambodian families. Haematologica. 2003;88:1092-8.

Sanchaisuriya K, Fucharoen G, Fucharoen S. Hb Pakse [(alpha2) codon 142 (TAA-->TAT or Term-->Tyr)J in Thai patients with EAbart's disease and Hb H Disease. Hemoglobin. 2002;26:227-35.

Zhang H, Li C, Li J, Hou S, Chen D, Yan H, et al. Next-generation sequencing improves molecular epidemiological characterization of thalassemia in Chenzhou Region, P.R. China. J Clin Lab Anal. 2019;33:e22845.

Trakulsrichai S, Panthan B, Jittorntam P, Niparuck P, Sriapha C, Chantratita W, et al. First identification of hemoglobin Lancing-Ramathibodi [α87(F8)His → Gln; CAC>CAG (HBA1: c.264C>G)] in a Thai family with spurious hypoxemia. Southeast Asian J Trop Med Public Health. 2016;47:1048-54.

Wang PP, Lin M, Wu JR, Wang XY, Yang LY. Three cases of the hemoglobin G-Chinese variant detected in patients of southern Chinese origin. Mol Med Rep. 2010;3:459-61.

Yimniam W, Jindadamrongwech S. Scanning for -Hemoglobin Variants by High-Resolution Melting Analysis. J Clin Lab Anal. 2016;30:633-40.

Kumar R, Mishra S, Uikey RS, Gwal A, Mun A, Bharti PK, et al. De novo heterozygous Hb G-Waimanalo (64(E13)Asp>Asn, CTG>CCG; HBA1:c.193G>A) variant in a sickle cell disease patient of an Indian tribe. J Clin Pathol. 2021;74:336-8.

Brennan SO, Tauro GP, Melrose W. Haemoglobin Port Phillip alpha91 (FG3) Leu replaced by Pro, a new unstable hemoglobin. FEBS Lett. 1977;81:115-7.

Yodsowan B, Svast J, Srisomsap C, Winichagoon P, Fucharoen S. Hb Siam [alpha15(A13)Gly-->Arg] is a GGT-->CGT mutation in the alpha1-globin gene. Hemoglobin. 2000;24:71-5.

Srivorakun H, Singha K, Fucharoen G, Fucharoen S. Novel interactions of two α-Hb variants with SEA deletion α0-thalassemia: hematological and molecular analyses. Hematology. 2018;23:187-91.

Panyasai S, Permsripong N, Pornprasert S. Hemoglobin J-Singapore [α79(EF8)Ala→Gly, GCG>GGG] in a Pregnant Thai Woman. J Med Assoc Thai. 2018;101:275-8.

Qin D. Next-generation sequencing and its clinical application. Cancer Biol Med. 2019;16:4-10.

ดาวน์โหลด

เผยแพร่แล้ว

2023-12-21

ฉบับ

ปีที่ 33 ฉบับที่ 4: ตุลาคม-ธันวาคม 2566

ประเภทบทความ

นิพนธ์ต้นฉบับ (Original article)

สัญญาอนุญาต

ลิขสิทธิ์ (c) 2023 วารสารโลหิตวิทยาและเวชศาสตร์บริการโลหิต

Creative Commons License

อนุญาตภายใต้เงื่อนไข Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.