The Use of Commercial Soil Nucleic Acid Extraction Kit and Nested PCR for Detection of Leptospira in Farm Environment after Flooding in Taiwan

Abstract

บทคัดย่อ

เลปโตสไปโรซิสเป็นเชื้อที่ติดต่อได้รวดเร็วและเป็นโรคที่สัมพันธ์กับภาวะน้ำท่วม จำนวนสัตว์ป่วยที่เพิ่มขึ้นมักจะอยู่ในประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้หลังจากที่เสียหายจากน้ำท่วมในช่วงฤดูพายุไต้ฝุ่น โรคนี้ยังถูกวางเป็นภัยคุกคามที่อาจเกิดขึ้นกับไต้หวัน เนื่องจากลักษณะทางภูมิศาสตร์ของประเทศ ดังนั้นจึงจำเป็นต้องสร้างเทคนิคการตรวจสำหรับการประมาณค่าการกระจายตัวของเชื้อ Leptospira ในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติโดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากที่เสียหายจากน้ำท่วม จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้เพื่อทดสอบการใช้ชุดสกัดกรดนิวคลิอิกจากดิน และ Nested PCR ในการตรวจหาเชื้อเลปโตสไปราจากสิ่งแวดล้อมในฟาร์ม ขีดจำกัดของการตรวจจับดีเอ็นเอของเลปโตสไปรา คือ 24.24 พิโคกรัม จากตัวอย่างดิน 108 ตัวอย่างที่เก็บจากฟาร์มที่ตั้งอยู่ภายในพื้นที่น้ำท่วมเสียหาย ผลตรวจที่เป็นบวกโดยรวมคิดเป็นร้อยละ 30.6 และจากการวิเคราะห์ตัวอย่างที่ให้ผลบวกด้วยลำดับเบสระบุได้ว่าเป็น Leptospira interrogans และ Leptospirabiflexa ดังนั้นวิธีนี้อาจนำมาใช้เพื่อการเฝ้าระวังเลปโตสไปโรซิสในประเทศอื่นหรือในการตรวจสอบของโรคอื่น ๆ จากดิน

คำสำคัญ: น้ำท่วม เลปโตสไปโรซิส nested PCR ดิน

Abstract

Leptospirosis is a rapidly transmitted and flood-related disease. The number of cases usually increase in thecountries of Southeast Asia after flood damage during typhoon seasons. This disease also poses a potential threat toTaiwan due to its geographic characteristics. Therefore, it is necessary to establish a practical technique for anestimation of the distribution of Leptospira in natural environment, especially after flood damage. The aim of thisstudy was to demonstrate the use of commercial soil nucleic acid extraction kits with nested PCR in the detection ofLeptospira spp. in the farm environment. The detection limit for Leptospira DNA was 24.24 pg. A total of 108 soilsamples were collected from farms located within flood-damaged areas; the overall positive rate was 30.6%. Based onthe sequence analysis, positive samples were identified as Leptospira interrogans and Leptospira biflexa. This developedapproach might be applied in a surveillance of leptospirosis in different countries or in the detection of otherpathogens from soils.

Keywords: flood, leptospirosis, nested PCR, soil