Genetic Characterization and Phylogenetic Analysis of Porcine Circovirus Type 2 in Thai Pigs with Porcine Circovirus Associated Diseases (PCVAD) during 2007-2010

Abstract

บทคัดย่อ

เชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองในสุกรซึ่งเป็นสาเหตุของโรคพีเอ็มดับเบิลยูเอสนั้น พบการระบาดครั้งแรกในประเทศแคนาดาปี พ.ศ.2534 จากนั้นมีการแพร่ระบาดไปในหลายประเทศ ซึ่งในปัจจุบันได้มีการเรียกชื่อ กลุ่มอาการที่เกิดจากเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองนี้ว่า กลุ่มอาการพีซีวีเอดี เชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองจำแนกออกเป็นสองชนิด คือ จีโนไทป์ 1 และ จีโนไทป์ 2 ในประเทศไทยมีรายงานการค้นพบเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2541 จนถึงปัจจุบันนี้ประเทศไทยมีข้อมูลรหัสพันธุกรรมของเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองเพียงหนี่งสายพันธุ์เท่านั้น ดังนั้นการศึกษาครั้งนี้จึงมีจุดประสงค์เพื่อวิเคราะห์และจำแนกลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองในส่วนโออาร์เอฟ 2 ที่ได้จากตัวอย่างสุกรไทยที่ป่วยด้วยกลุ่มอาการพีซีวีเอดี ในช่วงปี พ.ศ. 2550 ถึง พ.ศ. 2553 จำนวนทั้งหมด 12 ตัวอย่างเทียบกับสายพันธุ์อื่นๆที่มีการรายงานจากประเทศต่างๆ พบว่าตัวอย่างทั้งหมดอยู่จัดอยู่ในกลุ่ม จีโนไทป์ 1 ซึ่งจำแนกเป็นกลุ่มย่อย 1A/B จำนวน10 ตัวอย่าง (ร้อยละ 83.33) และ กลุ่มย่อย 1C จำนวน 2 ตัวอย่าง (ร้อยละ 16.67) จึงสรุปผลการวิเคราะห์และการจำแนกลักษณะทางพันธุกรรมของเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองทั้ง 12 ตัวอย่างด้วยแผนภูมิต้นไม้ไฟโลเจเนติค พบว่ามีการเปลี่ยนแปลงลำดับของกรดอะมิโนเพียงบางตำแหน่งเท่านั้น และยังพบว่าเชื้อเซอร์โคไวรัสชนิดที่สองสายพันธุ์จีโนไทป์ 1 กลุ่มย่อย 1A/B เป็นสายพันธุ์ที่พบมากที่สุดในตัวอย่างสุกรไทยซึ่งป่วยด้วยกลุ่มอาการพีซีวีเอดีที่ใช้ในการศึกษาในครั้งนี้ ในการศึกษาต่อไปควรมีจำนวนตัวอย่างมากขึ้นเพื่อยืนยันการปรากฏของไวรัสจีโนไทป์ 2 ในประเทศไทย

คำสำคัญ: ลักษณะทางพันธุกรรม การวิเคราะห์วงศ์วานวิวัฒนาการ สุกร เซอร์โคไวรัสชนิดที่สอง ประเทศไทย

Abstract

Porcine circovirus type 2 (PCV2) was first recognized as a causative agent of post weaning multisystemicsyndrome or PMWS in Canada in 1991. Subsequently, it has been reported in almost all intensive pig productioncountries, and currently all associated diseases linked to PCV2 are included under the term porcine circovirusassociated diseases or PCVAD. PCV2 can be divided into 2 major genotypes referred to genotype 1 (PCV2b) andgenotype 2 (PCV2a). In Thailand, PMWS was first reported in 1998. However, only one isolate of Thai PCV2 from ourgroup has been submitted to GenBank (AY864814). Therefore, the objective of this study was to determine thegenetic characterizations of 12 ORF2 of PCV2 isolates from Thai pigs with PCVAD during 2007-2010. Twelve ThaiPCV2 sequences were analyzed together with 19 representative ORF2 sequences. Interestingly, all 12 recent ThaiPCV2 sequences belong to genotype 1 consisting of subgroup 1A/B (10/12, 83.33%) and 1C (2/12, 16.67%). Insummary, based on genetic characterization and phylogenetic analysis, a few specific substitution patterns wereobserved in amino acid positions and genotype 1, subgroup 1A/B was predominated in Thai pigs with PCVAD inthis study. More samples are needed to investigate the existence of genotype 2.

Keywords: genetic characterization, phylogenetic analysis, pigs, porcine circovirus type 2, Thailand