Genetic Characterization of Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) Isolates from Southern Vietnam during 2009-2010 Outbreaks

Abstract

บทคัดย่อ

ยีนของโปรตีนสไปค์และโปรตีนเมมเบรนของไวรัสพีอีดีเป็นยีนที่มีความหลากหลายทางพันธุกรรมซึ่งจะมีความแตกต่างกันในแต่ละพื้นที่ มีรายงานว่า ลำดับทางพันธุกรรมของจีโนมที่ต่างกันในยีนดังกล่าวมีความเกี่ยวข้องกับพยาธิกำเนิดของโรค เมื่อทำการถอดรหัสและวิเคราะห์พันธุกรรมของไวรัสพีอีดีจำนวน 8 ตัวอย่าง ซึ่งแยกได้จากลูกสุกรในฟาร์มทางใต้ของประเทศเวียดนามที่แสดงอาการท้องเสียในช่วงที่มีการระบาดของโรคพีอีดีระหว่าง ปี ค.ศ. 2009-2010 พบว่าบางส่วนของยีนสไปค์และทั้งหมดของยีนเมมเบรนของไวรัสพีอีดีดังกล่าว มีความเหมือนกันร้อยละ 98.9-100 และ 99.7-100 ตามลำดับ โดยสามารถแบ่งออกเป็น 2 กลุ่มย่อยตามจังหวัดที่พบเชื้อซึ่งมีความแตกต่างจากไวรัสพีอีดีที่พบในทวีปยุโรป (Br1/87 และ CV777) และประเทศเกาหลี (spk1, Chinju99, DR13 และ KNU-0801) ผลการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของลำดับนิวคลีโอไทด์ของเชื้อแบบแผนภูมิต้นไม้พบว่าเชื้อที่แยกได้จากการศึกษานี้จัดอยู่ในกลุ่มเดียวกับเชื้อไวรัสที่ก่อโรคปัจจุบันในประเทศจีน (JS-2004-2 และ DX) ประเทศไทย (07NP01, 08NP02 และ08CB01) และประเทศเกาหลี (KNU-0802 และCPF299) จากผลการศึกษาพบว่า ไวรัสพีอีดีที่ระบาดในประเทศเวียดนาม มีความเป็นไปได้ที่จะมีสายวิวัฒนาการมาจากไวรัสในประเทศจีนโดยมีการเปลี่ยนแปลงลักษณะทางพันธุกรรมดังกล่าวอาจเกิดขึ้นหลังจากระบาดมาระยะเวลาหนึ่ง จนพัฒนาเป็นไวรัสพีอีดีสายพันธุ์ใหม่ในประเทศเวียดนาม

คำสำคัญ: phylogenetic analysis สุกร porcine epidemic diarrhea virus เวียดนาม

Abstract

Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike (S) glyprotein and membrane (M) glycoprotein genes arebelieved to have genetic variation. The heterogeneity in those genomic sequences has been reported and is knownessentially for the diverse PEDV pathogenicity. Eight southern Vietnamese PEDVs collected from severe waterydiarrhea piglets of the recent emerging outbreaks (2009-2010) were sequenced and analyzed. The results revealedhigh nucleotide homology of the partial S gene of the current isolates at 98.9-100% and 99.7-100% identity of the fullM gene among these isolates despite dividing into two subclusters of different provincial origins. It should be notedthat the Vietnamese PEDVs contained high differences on nucleotide sequence of partial S gene with other referenceisolates in Europe (Br1/87, CV777) and in Korea (Spk1, Chinju99, DR13 and KNU-0801). The phylogeneticrelationship of both partial S and M protein genes indicated that the current Vietnamese PEDVs were in the samecluster with the Chinese isolates (JS-2004-2 and DX), the Thai isolates (07NP01, 08NP02 and 08CB01) and the recentKorean isolates (KNU-0802 and CPF299). The results suggested that the current Vietnamese PEDV isolates mighthave originated from the same Chinese ancestor undergoing genetic variation and possibly forming a new PEDVgenotype in Vietnam.

Keywords: phylogenetic analysis, pigs, porcine epidemic diarrhea virus, Vietnam