การศึกษาแยกสายพันธุ์เชื้อวัณโรคด้วยวิธี spoligotyping ในพื้นที่รับผิดชอบของ สำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 12 จังหวัดสงขลา
DOI:
https://doi.org/10.14456/dcj.2021.76คำสำคัญ:
เชื้อวัณโรค การตรวจแยกสายพันธุ์เชื้อวัณโรค spoligotyping พื้นที่รับผิดชอบของ สคร.12บทคัดย่อ
วัณโรค เป็นโรคติดต่อที่เป็นปัญหาสาธารณสุขของประเทศไทยและทั่วโลก มีสาเหตุเกิดจากการติดเชื้อ Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) ซึ่งปัจจุบันมีข้อมูลการศึกษาเกี่ยวกับความหลากหลายของสายพันธุ์เชื้อวัณโรคในประเทศไทยยังมีน้อย การแยกสายพันธุ์สามารถใช้ประโยชน์ทาง ระบาดวิทยาได้ และใช้ในการสอบสวนโรค ติดตามแหล่งแพร่เชื้อได้ แสดงความหลากหลายของสายพันธุ์ การศึกษาครั้งนี้ใช้วิธี spoligotyping ในการแยกสายพันธุ์ของเชื้อวัณโรค ซึ่งวิเคราะห์จากตำแหน่งบนสาย DNA ที่ซ้ำ (repeat) จำนวน 43 ตำแหน่ง พบสายพันธุ์เชื้อวัณโรค ในเขตพื้นที่รับผิดชอบของสำนักงานป้องกันควบคุมโรคที่ 12 จังหวัดสงขลา ได้แก่ จังหวัดยะลา จังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส จังหวัดตรัง จังหวัดสงขลา จังหวัดสตูลและจังหวัดพัทลุง จากผู้ป่วยวัณโรคปอด 138 ราย วิเคราะห์แยกสายพันธุ์ โดยเปรียบเทียบกับข้อมูลสายพันธุ์ในฐานข้อมูลสากล SpolDB4 พบเชื้อวัณโรคที่มีรูปแบบสายพันธุ์ spoligotype 53 รูปแบบ และพบกลุ่มสายพันธุ์ใหม่ที่ยังไม่มีในฐานข้อมูล 35 สายพันธุ์ และมี spoligotype ที่มีรูปแบบแตกต่างกัน 32 รูปแบบ กลุ่มสายพันธุ์ที่พบมากที่สุดคือ East African-Indian (EAI) รองลงมาคือ Beijing ร้อยละ 36.23 (50/138) และ 32.61 (45/138) ตามลําดับ ในกลุ่มสายพันธุ์ EAI พบสายพันธุ์ EAI5 มากที่สุด รองลงมาเป็น EAI6_BGD1 (Bangladesh) และ EAI2_NTB (Nonthaburi) ร้อยละ 36.00 (18/50), 30.00 (15/50) และ 18.00 (9/50) ตามลำดับ วิธีการนี้เหมาะสมในการใช้แยกสายพันธุ์เชื้อวัณโรค เนื่องจากมีความเป็นมาตรฐานสูง มีขั้นตอนที่ไม่ยุ่งยาก พบสายพันธุ์ใหม่จำนวนมาก
Downloads
เอกสารอ้างอิง
World Health Organization. Global tuberculosis report 2018. Geneva: World Health Organization; 2018.
The Office of Disease Prevention and Control region 12 Songkhla. Annual report of Tuberculosis control in the area of The Office of Disease Prevention and Control region 12 Songkhla; 2018.
C Sola, S Ferdinand, C Mammina, A Nastasi, N Rastogi. Genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Sicily based on spoligotyping and variable number of tandem DNA repeats and comparison with a spoligotyping database for population-based analysis. J Clin Microbiol. 2001 Apr;39(4):1559-65. Doi: 10.1128/JCM.39.4.1559-1565.2001
Sukkasem S, Yanai H, Mahasirimongkol S, Yamada N, Rienthong D, Palittapongampim P, et al. Drug resistance and IS 6110-RFLP patterns of Mycobacterium tuberculosis in Patients with recurrent tuberculosis in northern Thailand. Microbiol Immunol. 2013;57:21-9.
Faksri K, Drobniewski F, Nikolayevskyy V, Brown T, Prammananan T, Palittapongampim P, et al. Epidemiological trends and clinical comparisons of Mycobacterium tuberculosis in Thai TB meningitis. Tuberculosis. 2011;91:594-600.
Noguti EN, Leite CQF, Malaspina AC, Santos AC, Hirata RD, Hirata MH, et al. Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates from a low-endemic setting in northwestern state of Parana in southern Brazil. Mem Inst Oswaldo Cruz. 2010;105:779-85.
Githui WA, Jordaan AM, Juma ES, Kinyanjui P, Karimi FG, Kimwomi J, et al. Identification of MDR-TB Beijing/W and other Mycobacterium tuberculosis genotypes in Nairobi, Kenya. Int J Tuberc Lung Dis. 2004;8:352-60.
Phetsuksiri B, Bunchoo S, Rudeeaneksin J, Srisangngam S, Noppornpun K, Khummin R, et al. Genotyping of Mycobacterium tuberculosis by spoligotyping. Journal of Health Science. 2017;26:447-55.
Centers for Disease Control and Prevention. Guide to the application of genotyping to tuberculosis prevention and control [Internet]. 2012 [cited 2019 Jun 9]. Available from: http://www.cdc.gov/tb/programs/genotyping/chap3/3_cdclab_2description.htm.
Adwoa Asante-Poku, Isaac Darko Otchere, Stephen Osei-Wusu, et al. Molecular epidemiology of Mycobacterium africanum in Ghana. BMC Infect Dis. 2016; 16: 385.Published online 2016 Aug 9. doi: 10.1186/s12879-016-1725-6
Hasan z, Tanveer M, Kanji A, Hasan Q, Ghebremichael S, Hasan R. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates from Pakistan reveals predominance of Central Asian Strain 1 and Beijing isolates. J Clin Microbiol. 2006;44:1763-8.
Brudey K, Driscoll JR, Rigouts L, Prodinger WM, Gori A, Al-Hajoj SA, et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology. BMC Microbiol. 2006;6:1-17.
Phetsuksiri B, Rudeeaneksin J, Srisungngam S, Bunchoo S, Rienthong D, Mukai T, et al. Applicability of inhouse loop-mediated isothermal amplification for rapid identification of Mycobacterium tuberculosis complex grown on solid media. Jpn J Infect Dis. 2013;66:249-51.
A G M van der Zanden, K Kremer, L M Schouls, et al. Improvement of differentiation and interpretability of spoligotyping for Mycobacterium tuberculosis complex isolates by introduction of new spacer oligonucleotides. J Clin Microbiol. . 2002 Dec;40(12):4628-39.
doi: 10.1128/JCM.40.12.4628-4639.2002.
Eldholm V, Matee M, Mfinanga SG, Heun M, Dahle UR. A first insight into the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in Dares Salaam, Tanzania, assessed by spoligotyping. BMC Microbiol. 2006;6:76.
Bifani PJ, Mthema B, Kureµl. na NE, Kreiswirth BN. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W- Beijing family strains. Trends Microbiol. 2002;10:45-52
Van Anh Thi Nguyen, Marc Choisy, Duy Hung Nguyen, et al. High prevalence of Beijing and EAI4-VNM genotypes among M. tuberculosis isolates in northern Vietnam: sampling effect, rural and urban disparities. PLoS One. 2012;7(9):e45553.
doi: 10.1371/journal.pone.0045553. Epub 2012 Sep 24.
Tran N, van Soolingen BD, Huyen MNT. Increased transmission of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains associated with resistance to streptomycin a population based study. PLoS One. 2012;7:e42323.
Sujariyakµl. A, Rudeeaneksin J, Tipkrua N, Phetsuksiri B. Epidemiology and genotypes of Mycobacterium tubercolosis at an outbreak area in Kanchanaburi province. Disease Control Journal. 2016;42;337-47.
Jurriaan E.M. de Steenwinkel, Marian T. ten Kate, et al. Drug Susceptibility of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype and Association with MDR TB. Emerg Infect Dis. 2012 Apr; 18(4): 660–663.
M. Keikha and M. Majidzadeh. Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis is associated with extensively drug-resistant tuberculosis: A global analysis. New Microbes New Infect. 2021 Sep; 43: 100921. Published online 2021 Aug 1. doi: 10.1016/j.nmni.2021.100921
ดาวน์โหลด
เผยแพร่แล้ว
รูปแบบการอ้างอิง
ฉบับ
ประเภทบทความ
สัญญาอนุญาต
บทความที่ลงพิมพ์ในวารสารควบคุมโรค ถือว่าเป็นผลงานทางวิชาการหรือการวิจัย และวิเคราะห์ตลอดจนเป็นความเห็นส่วนตัวของผู้เขียน ไม่ใช่ความเห็นของกรมควบคุมโรค ประเทศไทย หรือกองบรรณาธิการแต่ประการใด ผู้เขียนจำต้องรับผิดชอบต่อบทความของตน
